本来意図されていない方法でゲームを進めると特殊な現象が起こることがある。そのうち重要なものを以下に記す。
デクの樹をクリアする前に森抜け(Forest Escape)を使ってゼルダの子守唄を入手すると、特殊な現象がいくつか発生する。ゼルダの子守唄の入手はコキリの森と森の聖域の状態を変化させるフラグになっており、またゼルダの子守歌を入手するとサリアの歌入手可能フラグが立つ。しかしコキリの森はまだデクの樹クリア前状態でもあるため、 矛盾する2 つの状態が共存しバグが発生する。このバグが発生すると、サリアはまだリンクの家の前にいるが、話しかけると森の聖域にいる時と同じセリフを聞くことができる。また、ミドはデクの樹への道をふさがなくなる。よって、この現象とデクの棒を使う方法の森抜けを組み合わせればコキリの剣なしでデクの樹に入ることができるようになる。中でもとりわけ奇妙な現象は岩を持ち上げようとしているコキリ族の少年の動きが変わることで、リンクに向かって怪しいアクションをするようになる。
ゼルダの子守唄を入手した後にコキリの森に戻ると、見張りのコキリ族をすり抜ける時の角度が微妙に変化する。すり抜けを成功させるには、角度を調整する前に、コキリ族と壁の間に入るように左下に移動し、ESS ポジションよりほんの少し強めにスティックを倒してゆっくりと角に入り込むようにするだけでよい。スティックを強く倒しすぎるとコキリ族に押し返されてしまい、森抜けの成功率が大きく下がってしまう。
壁に対する角度は全くシビアではない。剣の装飾部分を壁の緑の模様中央に合わせるだけで良い。
光の矢のムービーを発生させるかどうかの判定が行われる時、ゲーム内部でチェックされるのは魂のメダルと闇のメダルだけである。森・炎・水のメダルがノクターンのムービーのフラグなのだから、先にこれら 3 つのメダルを取らなければ闇の神殿に入ることは不可能だとおそらく開発者は考えたのであろう。しかし実際はノクターンを使わず闇の神殿に入ることは可能である。魂の神殿クリアが光の矢ムービー発生条件に入っている理由は、通常のプレイでも魂の神殿はいつでもクリアできるからである。
さらに闇のメダルと魂のメダルは RBA (Reverse Bottle Adventure) を使って入手することも可能。折れたゴロン刀を C の右に装備し、B ビンにムシかサカナを入れる。